Die Musikschule bietet die ganze Vielfalt der Blockflöten-Familie im Unterricht an: vom winzigen Garkleinflötlein über die Sopranblockflöte zur Altblockflöte, wahlweise auch Sopraninoblockflöte, Tenor-, Bass- und Großbassblockflöte bis hin zur mannshohen Subbassblockflöte. Vielfältig ist auch das Spektrum der Literatur: Der Bogen spannt sich vom Mittelalter über die Barockzeit bis zur zeitgenössischen Musik, einschließlich Folklore und Popmusik. Das krönende Soloinstrument ist die Altblockflöte mit einer unüberschaubar großen Palette an Sonaten-, Kammermusik- und Konzertliteratur.

Der Anfangsunterricht findet im Rahmen eines einjährigen Grundkurses für Erst- und Zweitklässler und eines sich daran anschließendes Aufbaukurses statt, wahlweise für Kinder ab fünf Jahren auch in Kleingruppen von zwei bis fünf Kindern oder im Einzelunterricht. Im weiteren Verlauf werden Fertigkeiten aller Instrumente der Blockflöten-Familie in Kleingruppen oder Einzelunterricht erlernt. Feste Ensembles und wechselnde Projektensembles bieten zu verschiedenen Anlässen die Möglichkeit, im Zusammenspiel mit anderen bei Auftritten mitzuspielen. Unterrrichtsangebote gibt es in der Musikschule in der Frischlinstraße, in der Grundschule Waldhäuser-Ost, in der Grundschule am Hechinger Eck und im Loretto-Viertel.

Grundsätzlich werden Blockflöten mit barocker Griffweise benötigt. In der Regel beginnen die Schülerinnen und Schüler mit der Sopranblockflöte, danach wird der Unterricht mit der Altblockflöte fortgesetzt. Später können alle anderen Ensemble-Instrumente dazukommen (Sopranino-, Tenor-, Bass-, Großbass- und Subbassblockflöte). Für Kinder mit kleinen Händen gibt es auch Unterricht auf der Kindergartenflöte.